論文 - 墨　智成

1. A neural network model that generates salt concentration memory-dependent chemotaxis in Caenorhabditis elegans

   Masakatsu Hironaka, Tomonari Sumi，elife，14巻，(頁 RP104456-1 ～ RP104456-42)，2025年02月

   

2. Mechanism of polymer molecular weight-dependent suppression and promotion of liquid-liquid phase separation of a protein solution by the addition of polymer

   Yoshihiro Osaka, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Hiroshi Imamura, Tsuyoshi Shirai, Yasuhiro Isogai，The Journal of Chemical Physics，162巻，(頁 051101-1 ～ 051101-8)，2025年02月

   

3. The nature of the hydrophobic interaction varies as the solute size increases from methane's to C60's

   Hidefumi Naito, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，The Journal of Chemical Physics，161巻，(頁 214501-1 ～ 214501-15)，2024年12月

   

4. Vaccine and antiviral drug promise for preventing post-acute sequelae of COVID-19, and their combination for its treatment

   Tomonari Sumi, Kouji Harada，Frontiers in Immunology，15巻，(頁 1329162-1. ～ 1329162-20.)，2024年08月

   

5. Pair Potential between Poloxamer 407 Micelles in 14 wt% Aqueous Solution Clarifying the So-Gel-Sol Transition by Temperature Rise

   Takeshi Morita, Yusuke Torii, Hiroshi Imamura, Teruki Kadota, Fumie Sakuma, Kenjirou Higashi, Tomonari Sumi，The Journal of Physical Chemistry Letters，15巻，31号，(頁 7909 ～ 7915)，2024年07月

   

6. How do water-mediated interactions and osmotic second virial coefficients vary with particle size?

   Hidefumi Naito, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，Faraday Discussions，249巻，(頁 440 ～ 452)，2024年06月

   

7. Solvation free energies of alcohols in water: temperature and pressure dependences

   Aoi Taira, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，Physical Chemistry Chemical Physics，25巻，45号，(頁 31107 ～ 31117)，2023年10月

   

8. Molecular mechanism of the common and opposing co-solvent effects of fluorinated alcohol and urea on a coiled coil protein

   Noa Nakata, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Takeshi Morita, Hiroshi Imamura，Protein Science，32巻，10号，(頁 e4763-1 ～ e4763-15)，2023年08月

   

9. Muscarinic acetylcholine receptor-dependent and NMDA receptor-dependent LTP and LTD share the common AMPAR trafficking pathway

   Tomonari Sumi, Kouji Harada，iScience，26巻，3号，(頁 106133-1 ～ 106133-24)，2023年03月

   

10. Immune response to SARS-CoV-2 in severe disease and long COVID-19

    Tomonari Sumi, Kouji Harada，iScience ，25巻，8号，(頁 104723-1 ～ 104723-19)，2022年08月

    

11. Improvement of Protein Solubility in Macromolecular Crowding during Myoglobin Evolution

    Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Tsuyoshi Shirai，Biochemistry，61巻，15号，(頁 1543 ～ 1547)，2022年06月

    

12. Osmotic second virial coefficients for hydrophobic interactions as a function of solute size

    Hidefumi Naito, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，The Journal of Chemical Physics，156巻，22号，(頁 221104-1 ～ 221104-6)，2022年06月

    

13. Kinetics of the ancestral carbon metabolism pathways in deep-branching bacteria and archaea

    Tomonari Sumi, Kouji Harada，Communications Chemistry，4巻，1号，(頁 149-1 ～ 149-9)，2021年12月

    

14. Water-mediated interactions destabilize proteins

    Tomonari Sumi, Hiroshi Imamura，Protein Science，30巻，10号，(頁 2132 ～ 2143)，2021年08月

    

15. Common and unique strategies of myoglobin evolution for deep-sea adaptation of diving mammals

    Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Setsu Nakae, Tomonari Sumi, Ken-ichi Takahashi, Tsuyoshi Shirai，iScience，24巻，8号，(頁 102920-1 ～ 102920-22)，2021年08月

    

16. Ion Size Dependences of the Salting-Out Effect: Reversed Order of Sodium and Lithium Ions

    Hiroyuki Katsuto, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，The Journal of Physical Chemistry B，125巻，23号，(頁 6296 ～ 6305)，2021年06月

    

17. A mathematical study on the effects of a combination of an immune checkpoint inhibitor and a mutagen for anti-HIV-1 therapy

    Kouji Harada, Tomonari Sumi，Artificial Life and Robotics，26巻，2号，(頁 210 ～ 215)，2021年05月

    

18. Unveiling the Interaction Potential Surface between Drug-Entrapped Polymeric Micelles Clarifying the High Drug Nanocarrier Efficiency

    Takeshi Morita, Sayaka Mukaide, Ziqiao Chen, Kenjirou Higashi, Hiroshi Imamura, Kunikazu Moribe, Tomonari Sumi，Nano Letters，21巻，3号，(頁 1303 ～ 1310)，2021年02月

    

19. Two different regimes in alcohol-induced coil-helix transition: effects of 2,2,2-trifluoroethanol on proteins being either independent of or enhanced by solvent structural fluctuations

    Hiroyo Ohgi, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Keiko Nishikawa, Yoshikata Koga, Peter Westh, Takeshi Morita，Physical Chemistry Chemical Physics，23巻，10号，(頁 5760 ～ 5772)，2021年01月

    

20. Mechanism underlying hippocampal long-term potentiation and depression based on competition between endocytosis and exocytosis of AMPA receptors

    Tomonari Sumi, Kouji Harada，Scientific Reports，10巻，(頁 14711-1 ～ 14711-14)，2020年12月

    

21. An Improved Model-potential-free Analysis of the Structure Factor Obtained from a Small-angle Scattering: Acquisitions of the Pair Distribution Function and the Pair Potential

    Ken-ichi Amano, Ryosuke Sawazumi, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Kota Hashimoto, Kazuhiro Fukami, Haru Kitaoka, Naoya Nishi, Tetsuo Sakka，Chemistry Letters，49巻，9号，(頁 1017 ～ 1021)，2020年09月

    

22. Is F1-ATPase a Rotary Motor with Nearly 100% Efficiency? Quantitative Analysis of Chemomechanical Coupling and Mechanical Slip

    Tomonari Sumi, Stefan Klumpp，Nano Letters，19巻，5号，(頁 3370 ～ 3378)，2019年05月

    

23. Interaction potential surface between Raman scattering enhancing nanoparticles conjugated with a functional copolymer

    Takeshi Morita, Yuki Ogawa, Hiroshi Imamura, Kouki Ookubo, Nobuo Uehara, Tomonari Sumi，Phys. Chem. Chem. Phys.，21巻，31号，(頁 16889 ～ 16894)，2019年05月

    

24. Theoretical analysis on thermodynamic stability of chignolin

    Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，Scientific Reports，9巻，(頁 5186-1 ～ 5186-9)，2019年03月

    

25. Tracing whale myoglobin evolution by resurrecting ancient proteins

    Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Setsu Nakae, Tomonari Sumi, Ken-ichi Takahashi, Taro Nakagawa, Antonio Tsuneshige, Tsuyoshi Shirai，Scientific Reports，8巻，(頁 16883-1 ～ 16883-14)，2018年11月

    

26. Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy

    Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenji Mochizuki, Kenichiro Koga，JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY，39巻，4号，(頁 202 ～ 216)，2018年02月

    

27. Numerical calculation on a two-step subdiffusion behavior of lateral protein movement in plasma membranes

    Tomonari Sumi, Atsushi Okumoto, Hitoshi Goto, Hideo Sekino，PHYSICAL REVIEW E，96巻，4号，(頁 042410-1 ～ 042410-10)，2017年10月

    

28. Myosin V: Chemomechanical-coupling ratchet with load-induced mechanical slip

    Tomonari Sumi，Scientific Reports，7巻，(頁 13489-1 ～ 13489-12)，2017年10月

    

29. Influence of co-non-solvency on hydrophobic molecules driven by excluded volume effect

    Kenji Mochizuki, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS，19巻，35号，(頁 23915 ～ 23918)，2017年09月

    

30. Design principles governing chemomechanical coupling of kinesin

    Tomonari Sumi，Scientific Reports，7巻，(頁 1163-1 ～ 1163-13)，2017年04月

    

31. Hydrophobic Polymer Chain in Water That Undergoes a Coil-to-Globule Transition Near Room Temperature

    I. Hatano, K. Mochizuki, T. Sumi, K. Koga，JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B，120巻，47号，(頁 12127 ～ 12134)，2016年12月

    

32. Interaction Potential between Biological Sensing Nanoparticles Determined by Combining Small-Angle X-ray Scattering and Model-Potential-Free Liquid Theory

    Takeshi Morita, Nobuo Uehara, Kenji Kuwahata, Hiroshi Imamura, Takeshi Shimada, Kouki Ookubo, Maki Fujita, Tomonari Sumi，J. Phys. Chem. C，120巻，44号，(頁 25564 ～ 25571)，2016年11月

    

33. A reference-modified density functional theory: An application to solvation free-energy calculations for a Lennard-Jones solution

    Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenichiro Koga，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，144巻，22号，(頁 224104-1 ～ 224104-15)，2016年06月

    

34. Liquid-iquid phase separation of N-isopropylpropionamide aqueous solutions above the lower critical solution temperature

    Kenji Mochizuki, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，Scientific Reports，6巻，(頁 24657-1 ～ 24657-10)，2016年04月

    

35. Mean-Field Approximation to the Hydrophobic Hydration in the Liquid-Vapor Interface of Water

    Kiharu Abe, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，J. Phys. Chem. B，120巻，8号，(頁 2012 ～ 2019)，2016年03月

    

36. Driving forces for the pressure-induced aggregation of poly(N-isopropylacrylamide) in water

    Kenji Mochizuki, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS，18巻，6号，(頁 4697 ～ 4703)，2016年02月

    

37. Investigation of a virtual nested two-dimensional lattice model for representing the diffusive motion of a transmembrane protein in cell membrane

    Atsushi OKUMOTO, Tomonari SUMI, Hideo SEKINO, Hitoshi GOTO，Journal of Computer Chemistry, Japan，15巻，6号，(頁 229 ～ 231)，2016年

    

38. Erratum: "A solvation-Free-Energy Functional: A Reference-Modified Density Functional Formulation" [J. Comput. Chem. 2015, 36, 1359-1369]

    Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama，J. Comput. Chem.，36巻，26号，(頁 2009 ～ 2011)，2015年10月

    

39. A solvation-free-energy functional: A reference-modified density functional formulation

    Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama，JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY，36巻，18号，(頁 1359 ～ 1369)，2015年07月

    

40. A model-free method for extracting interaction potential between protein molecules using small-angle X-ray scattering

    Tomonari Sumi, Hiroshi Imamura, Takeshi Morita, Keiko Nishikawa，JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS，200巻，(頁 42 ～ 46)，2014年12月

    

41. Temperature dependence of local solubility of hydrophobic molecules in the liquid-vapor interface of water

    Kiharu Abe, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，141巻，18号，(頁 18C516-1 ～ 18C516-8)，2014年11月

    

42. Model-potential-free analysis of small angle scattering of proteins in solution: insights into solvent effects on protein-protein interaction

    Tomonari Sumi, Hiroshi Imamura, Takeshi Morita, Keiko Nishikawa, K. Nishikawa，Phys. Chem. Chem. Phys.，16巻，46号，(頁 25492 ～ 25497)，2014年10月

    

43. Time series data analysis using DFA

    A. Okumoto, T. Akiyama, H. Sekino, T. Sumi，AIP Conf. Proc.，1585巻，(頁 175 ～ 180)，2014年02月

    

44. Modulation of the intermolecular interaction of myoglobin by removal of the heme

    Hiroshi Imamura, Takeshi Morita, Tomonari Sumi, Yasuhiro Isogai, Minoru Kato, Keiko Nishikawa，JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION，20巻，(頁 919 ～ 922)，2013年11月

    

45. Effects of hydrophobic hydration on polymer chains immersed in supercooled water

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，RSC Advances，3巻，31号，(頁 12743 ～ 12750)，2013年08月

    

46. Generality of anomalous expansion of polymer chains in supercritical fluids

    Tadanori Koga, P. Gin, H. Yamaguchi, M. K. Endoh, M. Asada, L. Sendogdular, M. Kobayashi, A. Takahara, B. Akgun, S. K. Satija, T. Sumi，POLYMER，52巻，19号，(頁 4331 ～ 4336)，2011年09月

    

47. Possible mechanism underlying high-pressure unfolding of proteins: formation of a short-period high-density hydration shell

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS，13巻，35号，(頁 15829 ～ 15832)，2011年08月

    

48. Erratum: "Dewetting-induced globule-coil transitions of model polymers and possible implications high-temperature and low-pressure unfolding of proteins" [J. Chem. Phys. 132, 165101 (2010)]

    Tomonari Sumi, Nobuyuki Imazaki, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，132巻，16号，(頁 229901-1)，2010年04月

    

49. Dewetting-induced globule-coil transitions of model polymers and possible implications high-temperature and low-pressure unfolding of proteins

    Tomonari Sumi, Nobuyuki Imazaki, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，132巻，16号，(頁 165101-1 ～ 165101-8)，2010年04月

    

50. Hydrophobic effects on multivalent-salt-induced self-condensation of DNA

    Tomonari Sumi, Chiaki Suzuki, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，131巻，16号，(頁 161103-1 ～ 161103-4)，2009年10月

    

51. Critical Casimir effect in a polymer chain in supercritical solvents

    Tomonari Sumi, Nobuyuki Imazaki, Hideo Sekino，PHYSICAL REVIEW E ，79巻，3号，(頁 030801-1 ～ 030801-4)，2009年03月

    

52. A self-consistent density-functional approach for homogeneous and inhomogeneous classical fluids

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN，77巻，3号，(頁 034605-1 ～ 034605-8)，2008年03月

    

53. Metal-nonmetal transition in dense fluid hydrogen

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，128巻，4号，(頁 044712-1 ～ 044712-7)，2008年01月

    

54. Behavior of a polymer chain immersed in a binary mixture of solvents

    Tomonari Sumi, Kazuhiko Kobayashi, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，127巻，16号，(頁 164904-1 ～ 164904-7)，2007年10月

    

55. Integral equation study of hydrophobic interaction: A comparison between the simple point charge model for water and a Lennard-Jones model for solvent

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，126巻，14号，(頁 144508-1 ～ 144508-7)，2007年04月

    

56. A crossover from metal to plasma in dense fluid hydrogen

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，125巻，19号，(頁 194526-1 ～ 194526-10)，2006年11月

    

57. An interaction site model integral equation study of molecular fluids explicitly considering the molecular orientation

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，125巻，3号，(頁 034509-1 ～ 034509-9)，2006年07月

    

58. Entropy- or enthalpy-driven collapse of strongly charged polymer chains in a one-component charged fluid of counterions or coions

    T Sumi, C Suzuki, H Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，123巻，20号，(頁 204907-1 ～ 204907-6)，2005年11月

    

59. A cooperative phenomenon between polymer chain and supercritical solvent: Remarkable expansions of solvophobic and solvophilic polymers

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，122巻，19号，(頁 194910-1 ～ 194910-19)，2005年05月

    

60. A remarkable increase of positron annihilation rate in supercritical fluid xenon

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，CHEMICAL PHYSICS LETTERS，407巻，4-6号，(頁 294 ～ 297)，2005年05月

    

61. Anomalous behavior of a polymer chain in supercritical solvents: A remarkable expansion of solvophobic polymer

    Tomonari Sumi, Hideo Sekino，CHEMICAL PHYSICS LETTERS，407巻，4-6号，(頁 322 ～ 326)，2005年05月

    

62. A density-functional study for the liquid-vapor coexistence curve of nitrogen fluid

    T Sumi, H Shirahama, H Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，121巻，2号，(頁 1014 ～ 1019)，2004年07月

    

63. A path integral influence functional for excess electron in fluids: Density-functional formulation

    T Sumi, H Sekino，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，120巻，17号，(頁 8157 ～ 8165)，2004年05月

    

64. A density-functional theory for polymer liquids based on the interaction site model

    T Sumi, F Hirata，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，118巻，5号，(頁 2431 ～ 2442)，2003年02月

    

65. Integral equations for molecular fluids based on the interaction site model: Density-functional formulation

    T Sumi, T Imai, F Hirata，THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS，115巻，14号，(頁 6653 ～ 6662)，2001年10月

    

66. Molecular-dynamics study of liquid mercury in the density region between metal and nonmetal

    Tomonari Sumi, Eisaku Miyoshi, Kiyoshi Tanaka，Phys. Rev. B，59巻，9号，(頁 6153 ～ 6158)，1999年03月

    

67. Molecular-orbital and molecular-dynamics study of mercury

    Tomonari Sumi, Eisaku Miyoshi, Yoshiko Sakai, Osamu Matsuoka，Phys. Rev. B，57巻，2号，(頁 914 ～ 918)，1998年01月

    

68. Ab initio CASSCF and MRSDCI calculations of the (C6H6)(2)(+) radical

    E Miyoshi, T Ichikawa, T Sumi, Y Sakai, N Shida，CHEMICAL PHYSICS LETTERS，275巻，3-4号，(頁 404 ～ 408)，1997年08月

    

69. Molecular-orbital study of Li and LiOH adsorption on a Cu(001) surface. II. Cluster-model calculations with image charges

    Tomonari Sumi, Yoshiko Sakai, Eisaku Miyoshi，Physical Review B，55巻，7号，(頁 4755 ～ 4760)，1997年02月