基本情報

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墨 智成

スミ トモナリ


担当専攻 博士前期課程

環境創生工学系専攻

担当専攻 博士後期課程

工学専攻

担当学科

システム理化学科

職名

教授

電子メールアドレス

メールアドレス

ホームページURL

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研究分野 【 表示 / 非表示

  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学

  • ナノテク・材料 / 基礎物理化学

  • 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理

研究分野キーワード 【 表示 / 非表示

  • 理論生物学

  • 物理化学

  • 神経科学

  • タンパク質科学

  • 液体・溶液

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研究テーマ 【 表示 / 非表示

  • 数理モデルを用いた生命機能の解明

    数理モデル,生命現象,シミュレーション実験,2024年10月 ~ 2036年03月

出身大学院・研究科等 【 表示 / 非表示

  • 九州大学

    1999年03月,博士,工学研究科,応用物理学専攻,修了,日本国

  • 九州大学

    1996年03月,修士,工学研究科,応用物理学専攻,修了,日本国

出身学校・専攻等 【 表示 / 非表示

  • 山口大学

    1994年03月,理学部,物理学科,卒業,日本国

取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(工学)

職歴 【 表示 / 非表示

  • 室蘭工業大学 理工学部 教授

    2024年10月

  • 岡山大学 異分野基礎科学研究所 准教授

    2016年04月 ~ 2024年09月

  • 岡山大学大学院自然科学研究科 准教授

    2013年04月 ~ 2016年03月

  • 日本学術振興会特別研究員(PD)

    1999年04月 ~ 2002年03月

  • 豊橋技術科学大学 大学院工学研究科 助手

    2002年04月 ~ 2007年03月

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所属学会 【 表示 / 非表示

  • 日本化学会

  • 日本物理学会

  • 分子科学会

  • 日本生物物理学会

  • 分子シミュレーション学会

学術賞 【 表示 / 非表示

  • 令和5年度岡山工学振興会科学技術賞(一般研究部門)

    2023年07月,岡山工学振興会

  • 両備檉(てい)園記念財団 生物学研究奨励賞

    2024年10月,両備檉(てい)園記念財団

その他の受賞(官庁・民間団体表彰、感謝状等) 【 表示 / 非表示

  • 岡山大学理学部教育貢献賞

    2022年03月,墨 智成

 

数理モデルを用いた生命機能の解明

研究開発の目的

生命システムの機能や動態を計算機の中で再現し,その詳細な仕組みを解明することにより,健康・医療を切り拓くライフイノベーションへと繋げる。

研究開発の概要

生体分子モーター,代謝ネットワーク,免疫系,神経回路などを対象とし,利用可能な観測データ/臨床データを包括的に再現する数理モデルを開発する。その数理モデルによるシミュレーション実験から,詳細な動態を解析し,機能の仕組みを明らかにする。

研究紹介

研究開発の特徴/利点

1.研究のポイント 2.研究の新規性
  • 対象とする生命現象に関わる利用可能なデータを収集し,それらを包括的に再現する生命機能の本質を捉えた数理モデルを開発する。
  • 実験による観測や臨床データの考察からだけでは分からない複雑な生命現象の本質を,数理モデルを用いた計算機上でのシミュレーション実験に基づき解明してゆく。
3.従来の技術に比べての優位性 4.特許関連の状況
  • ウエット実験では観測が困難な側面を,シミュレーション実験により詳細に分析できる。
  • 生命現象の本質を導き出すのに必要な,様々な条件によるシミュレーション実験を,ウエット実験と比較して容易に実行可能である。
 

著書 【 表示 / 非表示

  • タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例

    墨智成 第4章 第8節分担,技術情報協会,タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証,2023年07月,9784861049712

論文 【 表示 / 非表示

  • Vaccine and antiviral drug promise for preventing post-acute sequelae of COVID-19, and their combination for its treatment

    Tomonari Sumi, Kouji Harada,Frontiers in Immunology,15巻,(頁 1329162-1. ~ 1329162-20.),2024年08月

  • Pair Potential between Poloxamer 407 Micelles in 14 wt% Aqueous Solution Clarifying the So-Gel-Sol Transition by Temperature Rise

    Takeshi Morita, Yusuke Torii, Hiroshi Imamura, Teruki Kadota, Fumie Sakuma, Kenjirou Higashi, Tomonari Sumi,The Journal of Physical Chemistry Letters,15巻,31号,(頁 7909 ~ 7915),2024年07月

  • How do water-mediated interactions and osmotic second virial coefficients vary with particle size?

    Hidefumi Naito, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga,Faraday Discussions,249巻,(頁 440 ~ 452),2024年06月

  • Solvation free energies of alcohols in water: temperature and pressure dependences

    Aoi Taira, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga,Physical Chemistry Chemical Physics,25巻,45号,(頁 31107 ~ 31117),2023年10月

  • Molecular mechanism of the common and opposing co-solvent effects of fluorinated alcohol and urea on a coiled coil protein

    Noa Nakata, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Takeshi Morita, Hiroshi Imamura,Protein Science,32巻,10号,(頁 e4763-1 ~ e4763-15),2023年08月

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論説・解説 【 表示 / 非表示

  • タンパク質は疎水効果で安定化しているのか

    墨智成, 今村比呂志,月刊「アグリバイオ 」4月号 (月刊「細胞」 Vol. 55, 162–165からの転載) ,7巻,4号,(頁 372 ~ 377),2023年03月

  • タンパク質は疎水効果で安定化しているのか?

    墨智成, 今村比呂志,月刊「細胞」3月号 ,55巻,2号,(頁 162 ~ 165),2023年03月

  • 新型コロナ後遺症と宿主内持続感染 新型コロナ後遺症に関する仮説

    墨智成,「BAN」3月号,286巻,(頁 56 ~ 63),2023年02月

  • タンパク質構造安定性機序の新たな理解〜水は疎水基を嫌っていなかった〜

    墨智成,化学と工業,75巻,11号,(頁 803),2022年11月

  • X 線小角散乱と液体論に基づくコロイド粒子 間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

    墨智成,Colloid and Interface Communication,41巻,(頁 1 ~ 3),2016年12月

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学会等発表 【 表示 / 非表示

  • 水中の個別イオンの部分モル体積に基づく電荷スケールイオンモデルの開発

    平良碧生, 墨智成, 甲賀研一郎,日本物理学会 第79回年次大会,第79回年次大会(2024年)プログラム,2024年09月16日,北海道大学,日本国

  • 疎水性相互作用の溶質サイズ依存性を定める熱力学的及び微視的要因

    内藤秀文, 墨智成, 甲賀研一郎,日本物理学会 第79回年次大会,第79回年次大会(2024年)プログラム,2024年09月16日,北海道大学,日本国

  • 二つのイオン特異的効果の関係性:塩析と塩誘起有効相互作用

    甲賀研一郎, 甲藤寛之, 岡本隆一, 墨智成,日本物理学会 第79回年次大会,第79回年次大会(2024年)プログラム,2024年09月16日,北海道大学,日本国

  • 線虫の塩濃度記憶に依存した塩走性の神経回路メカニズム

    弘中誠勝, 墨智成, 甲賀研一郎,日本物理学会 第79回年次大会,第79回年次大会(2024年)プログラム,2024年09月16日,北海道大学,日本国

科学研究費助成事業 【 表示 / 非表示

  • 高分子ナノミセルの相互作用場に立脚した治療薬徐放作用の起源に関する研究

    2024年度 ~ 2025年度,基盤研究(C),23K23156

 
 

公開講座等 【 表示 / 非表示

  • 理論化学からみた身近な現象

    2022年11月12日,岡山大学異分野基礎科学研究所,岡山大学理学部,岡山大学異分野基礎科学研究所公開講座,講演

講演 【 表示 / 非表示

  • 分子シミュレーションと小角散乱データを用いたタンパク質構造への共溶媒効果の解析

    2024年11月07日,新領域研究グループ「分子統計化学の開拓」

  • 分子シミュレーションと小角散乱データを用いたタンパク質構造への共溶媒効果の解析

    2024年03月26日,PF研究会「物質・生命研究における小角散乱法の展開:現状と展望のための討論会」

  • 最近の研究から:タンパク質安定性,分子モーター,薬剤送達ミセル

    2021年06月04日,CAMMフォーラム

  • タンパク質折り畳みのエネルギー論と溶媒効果

    2019年08月31日,計算生命科学研究会

  • タンパク質の熱力学的安定性と溶媒効果

    2019年06月03日,応用物理学会 M&BE 研究会

学会・研究会の主催等 【 表示 / 非表示

  • 第35回分子シミュレーション討論会

    岡山市,委員

  • 第56回日本生物物理学会

    岡山市,委員

  • 日本化学会中国四国支部大会

    岡山市,委員

  • 第26回液体の化学夏の学校

    岡山県備前市,代表

学会委員会 【 表示 / 非表示

  • 日本物理学会領域12運営委員

    2008年05月 ~ 2009年04月,委員,日本物理学会,全国