Research field 【 display / non-display 】

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• Informatics / Life, health and medical informatics

• Nanotechnology/Materials / Fundamental physical chemistry

• Natural Science / Biophysics, chemical physics and soft matter physics

Keywords for Research Field 【 display / non-display 】

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• Theoretical biology

• Physical chemistry

• Neuroscience

• Protein science

• Liquids and solutions

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Research themes 【 display / non-display 】

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• Mathematical modeling to elucidate biological functions

  Mathematical modeling，Biosystems，Computer experiments，2024.10 ～ 2036.03

Graduate school・Graduate course, etc. 【 display / non-display 】

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• Kyushu University

  1999.03，Doctor's Course，Graduate School, Division of Engineering，Department of Applied Physics，Completed，Japan

• Kyushu University

  1996.03，Master's Course，Graduate School, Division of Engineering，Department of Applied Physics，Completed，Japan

Graduate school・major, etc. 【 display / non-display 】

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• Yamaguchi University

  1994.03，Faculty of Science，Department of Physics，Graduate，Japan

Degree 【 display / non-display 】

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• Ph. D

Career 【 display / non-display 】

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• Professor in Muroran Institute of Technology

  2024.10

• Asociate professor in Okayama University

  2016.04 ～ 2024.09

• Asociate professor in Okayama University

  2013.04 ～ 2016.03

• Assistant professor in Toyohashi university of technology

  2007.04 ～ 2013.03

• Assistant professor in Toyohashi University of Technology

  2002.04 ～ 2007.03

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Academic Society 【 display / non-display 】

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• Bulletin of the Chemical Society of Japan

• The Physical Society of Japan

• Japan Society for Molecular Science

• The Biophysical Society of Japan

• The Molecular Simulation Society of Japan

Academic prize 【 display / non-display 】

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• 両備檉（てい）園記念財団　生物学研究奨励賞

  2024.10，両備檉（てい）園記念財団

• 令和５年度岡山工学振興会科学技術賞（一般研究部門）

  2023.07，岡山工学振興会

Introduction Research 【 display / non-display 】

Mathematical modeling to elucidate biological functions

Purpose of Research

生命システムの機能や動態を計算機の中で再現し，その詳細な仕組みを解明することにより，健康・医療を切り拓くライフイノベーションへと繋げる。

Summary of Research

生体分子モーター，代謝ネットワーク，免疫系，神経回路などを対象とし，利用可能な観測データ/臨床データを包括的に再現する数理モデルを開発する。その数理モデルによるシミュレーション実験から，詳細な動態を解析し，機能の仕組みを明らかにする。

Features / Benefits of Research

1.Point of research	2.Research of novelty
対象とする生命現象に関わる利用可能なデータを収集し，それらを包括的に再現する生命機能の本質を捉えた数理モデルを開発する。	実験による観測や臨床データの考察からだけでは分からない複雑な生命現象の本質を，数理モデルを用いた計算機上でのシミュレーション実験に基づき解明してゆく。
3.Primacy of Technology	4.Situation　of patent-related
ウエット実験では観測が困難な側面を，シミュレーション実験により詳細に分析できる。 生命現象の本質を導き出すのに必要な，様々な条件によるシミュレーション実験を，ウエット実験と比較して容易に実行可能である。

Books 【 display / non-display 】

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• タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例

  墨智成　第4章 第8節分担，技術情報協会，タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証，2023.07，9784861049712

Papers 【 display / non-display 】

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• A neural network model that generates salt concentration memory-dependent chemotaxis in Caenorhabditis elegans

  Masakatsu Hironaka, Tomonari Sumi，elife，vol.14，(p.RP104456-1 ～ RP104456-42)，2025.02

  

• Mechanism of polymer molecular weight-dependent suppression and promotion of liquid-liquid phase separation of a protein solution by the addition of polymer

  Yoshihiro Osaka, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Hiroshi Imamura, Tsuyoshi Shirai, Yasuhiro Isogai，The Journal of Chemical Physics，vol.162，(p.051101-1 ～ 051101-8)，2025.02

  

• The nature of the hydrophobic interaction varies as the solute size increases from methane's to C60's

  Hidefumi Naito, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga，The Journal of Chemical Physics，vol.161，(p.214501-1 ～ 214501-15)，2024.12

  

• Vaccine and antiviral drug promise for preventing post-acute sequelae of COVID-19, and their combination for its treatment

  Tomonari Sumi, Kouji Harada，Frontiers in Immunology，vol.15，(p.1329162-1. ～ 1329162-20.)，2024.08

  

• Pair Potential between Poloxamer 407 Micelles in 14 wt% Aqueous Solution Clarifying the So-Gel-Sol Transition by Temperature Rise

  Takeshi Morita, Yusuke Torii, Hiroshi Imamura, Teruki Kadota, Fumie Sakuma, Kenjirou Higashi, Tomonari Sumi，The Journal of Physical Chemistry Letters，vol.15，(31)，(p.7909 ～ 7915)，2024.07

  

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Editorial and Commentary 【 display / non-display 】

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• タンパク質は疎水効果で安定化しているのか

  墨智成, 今村比呂志，月刊「アグリバイオ 」4月号 （月刊「細胞」 Vol. 55, 162–165からの転載） ，vol.7，(4)，(p.372 ～ 377)，2023.03

  

• タンパク質は疎水効果で安定化しているのか？

  墨智成, 今村比呂志，月刊「細胞」3月号 ，vol.55，(2)，(p.162 ～ 165)，2023.03

  

• 新型コロナ後遺症と宿主内持続感染 新型コロナ後遺症に関する仮説

  墨智成，「BAN」３月号，vol.286，(p.56 ～ 63)，2023.02

  

• タンパク質構造安定性機序の新たな理解〜水は疎水基を嫌っていなかった〜

  墨智成，化学と工業，vol.75，(11)，(p.803)，2022.11

  

• X 線小角散乱と液体論に基づくコロイド粒子 間相互作用のモデルポテンシャルフリー解析

  墨智成，Colloid and Interface Communication，vol.41，(p.1 ～ 3)，2016.12

  

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Presentaion at conference, meeting, etc. 【 display / non-display 】

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• 水中の個別イオンの部分モル体積に基づく電荷スケールイオンモデルの開発

  平良碧生, 墨智成, 甲賀研一郎，日本物理学会　第79回年次大会，第79回年次大会（2024年）プログラム，2024.09.16，北海道大学，Japan

• 疎水性相互作用の溶質サイズ依存性を定める熱力学的及び微視的要因

  内藤秀文, 墨智成, 甲賀研一郎，日本物理学会　第79回年次大会，第79回年次大会（2024年）プログラム，2024.09.16，北海道大学，Japan

• 二つのイオン特異的効果の関係性：塩析と塩誘起有効相互作用

  甲賀研一郎, 甲藤寛之, 岡本隆一, 墨智成，日本物理学会　第79回年次大会，第79回年次大会（2024年）プログラム，2024.09.16，北海道大学，Japan

• 線虫の塩濃度記憶に依存した塩走性の神経回路メカニズム

  弘中誠勝, 墨智成, 甲賀研一郎，日本物理学会 第79回年次大会，第79回年次大会（2024年）プログラム，2024.09.16，北海道大学，Japan